2004年9月14日，A版质量体系文件经最高管理者金南冬院长批准，我院质量体系正式运行。管理者代表为曹志平副院长。

2004年12月12日—15日，部审核专家组对我校进行质量体系再有效及附加审核，组长为高德毅。我院顺利通过此次审核。

2005年6月22—25日，管理者代表曹志平副院长携质管办人员一行三人赴厦门参加船员教育和培训质量体系研讨会，上海海事局俞副局长向我院颁发了新版质量体系证书。

2005年6月25日—7月1日，我院派出院办、轮机工程系、航海技术系、学工处、教务处、继续教育学院等部门人员一行8人赴武汉参加由国家海事局主办的船员教育和培训质量体系内审员培训班。至此，我院内审员已达21人。

2006年7月3日—10日，教务处处长潘汝良参加由国家海事局主办的外审员培训班。

2006年12月，对A版质量体系进行修改，改后版本为A/2版。

二00七年

2007年5月19日—22日，由上海海事局派出的5位专家对我院进行质量体系中间审核。我院顺利通过此次审核。

2007年12月18日—23日，我院派出付娇等六名同志赴上海参加由国家海事局主办的船员教育和培训质量体系内审员培训班。

2008年6月，陈立军副院长任管理者代表。